NAVARRA, VIANA, SPAGNA, 1507 DC
Mentre Cesare Borgia conduce l’assalto sulla fortezza, Ezio Auditore ed i suoi apprendisti Assassini tentano di contrastare il leader dei Templari. Offrendosi come distrazione, la maggior parte degli apprendisti viene catturata e imprigionata, ma così facendo consente a Ezio di entrare senza ostacoli nella fortezza. Altri apprendisti entrano nella fortezza, liberando gli assassini catturati contenuti all'interno. Ora liberati, gli assassini si celano nell'ombra e cercano la stanza dell'armeria. Lì raccolgono le loro Lame Celate, mentre sabotano la pistola personale di Cesare.

Sulle mura della fortezza Ezio affronta finalmente Cesare faccia a faccia, lasciando infine il Templare sconfitto a cadere verso la sua morte.


VENEZIA, ITALIA, 1507 DC

A seguito della vittoria, la Confraternita degli Assassini ritorna in Italia. A Venezia i loro informatori indicano loro un ex quartier generale dei Templari. Prendendone possesso, gli Assassini ora hanno una base all'interno della città. Il ramo veneziano della Confraternita rivolge quindi le proprie attenzioni al doge Leonardo Loredan, già alleato e magistrato di punta che presiede il Senato cittadino. Papa Giulio II chiede agli Assassini di indagare sul Doge dopo il suo improvviso mutamento di comportamento recente, quindi si dirigono a Palazzo Ducale.

Poco tempo dopo gli Assassini si infiltrano nel Palazzo ed individuano una stanza nascosta. Una volta esaminata la documentazione del Doge, diventa chiaro che questi sia stato ricattato dai Templari, i quali hanno rapito una delle sue figlie. Il ricattatore e le sue guardie, una volta identificati, vengono rapidamente eliminati dagli Assassini, liberando il Doge dalle costrizioni imposte su di lui.


VENEZIA, ITALIA, 1509 DC

The Assassins decide they want to upgrade their headquarters and seek out Leonardo da Vinci. Unfortunately the Maestro is in hiding, therefore they seek out his apprentice Salaì. It turns out he has been captured by the City Guards, so the Assassins attempt to locate him at a nearby palace. Once freed, Salaì leads them to a secret workshop used by his master. There, Leonardo builds a tank filled with cannons. His reputation for creating war machines being so well known, he attracts the attention of Niccolò di Pitigliano, a condottiero on Templar payroll. Pitigliano uses the City Guard to surround the Gli Assassini decidono di voler migliorare il loro quartier generale e per questo si mettono alla ricerca di Leonardo da Vinci. Purtroppo il Maestro non è presente e dunque cercano il suo allievo Salaì. Si scopre che è stato catturato dalle guardie cittadine, quindi gli Assassini tentano di localizzarlo in un palazzo vicino. Una volta liberato, Salaì li conduce in una bottega segreta utilizzata dal suo maestro. In tale luogo Leonardo sta costruendo un carro armato pieno di cannoni. Essendo così nota la sua fama di creatore di macchine da guerra, l’uomo attira l'attenzione di Niccolò di Pitigliano, un condottiero al soldo dei Templari. Pitigliano utilizza la Guardia cittadina per circondare il laboratorio, quindi tocca agli Assassini mantenere la difesa del Maestro.

Cominciano a circolare voci secondo cui Pitigliano ha preso il controllo della Marina locale, il che mette il quartier generale degli Assassini a rischio bombardamento da parte della precedente invenzione di Da Vinci: il cannone navale. Gli Assassini riescono a intrufolarsi nel molo e recuperare il Cannone per i propri scopi, eliminando così la minaccia. Rendendosi conto che Pitigliano sarà una minaccia costante, gli Assassini si rivolgono a Niccolò Machiavelli per negoziare un accordo con la Guardia cittadina. Chiedendo un pagamento per chiudere un occhio sulla Confraternita, Pitigliano riceve denaro dalle sue stesse casse, poiché gli Assassini stessi glielo hanno rubato.

Mentre intorno alla Guardia cittadina, la Confraternita sente che i Templari stanno per individuare un "manufatto" di importanza. Ezio crede che questo sia un Frutto dell'Eden, lasciando gli Assassinialla disperata ricerca di informazioni. Riescono a intercettare un messaggero che rivela che si tratta in realtà di un Bastone dell'Eden. La sua ubicazione sarebbe conosciuta da un Dottore nel sestiere di San Polo. Gli Assassini localizzano il Dottore vicino al Ponte delle Guglie. Lì rivela che il Bastone è nascosto vicino alla statua del Leone di Venezia, sotto Piazza San Marco. Una volta arrivati gli Assassini, il Bastone stranamente non è presente. Il codice Animus della simulazione si interrompe e la statua del Leone di Venezia prende vita e inizia ad attaccare gli Assassini volando verso di loro.

Origliando alcuni dialoghi della Guardia cittadina, la Confraternita scopre che i Templari stanno per individuare un "manufatto" di grande importanza. Ezio ritiene che si tratti di un Frutto dell'Eden, lasciando gli Assassini alla disperata ricerca di informazioni. Riescono a intercettare un messaggero che rivela che si tratta in realtà di un Bastone dell'Eden. La sua ubicazione sarebbe conosciuta da un Dottore nel quartiere di San Polo. Gli Assassini localizzano il Dottore vicino al Ponte delle Guglie. Lì questi rivela che il Bastone è nascosto vicino alla statua del Leone di Venezia, sotto Piazza San Marco. Una volta arrivati in loco, il Bastone stranamente non è presente. Il codice Animus della simulazione si interrompe e la statua del Leone di Venezia prende vita e inizia ad attaccare gli Assassini volando verso di loro.


UFFICIO ABSTERGO, TOKYO, GIAPPONE, 2020 DC

Shaun Hastings si fa strada furtivamente attraverso gli uffici. Utilizzando la sua Shock Blade (Lama Celata elettrificata) ed una pistola, abbatte le guardie in silenzio dove necessario. Individuando i server da cui erano stati generati i glitch del Leone di Venezia e del Bastone dell'Eden, riesce ad hackerare la simulazione e riavviare la memoria.


VENEZIA, ITALIA, 1509 DC

Gli Assassini riescono finalmente a recuperare il Bastone, portandolo al loro quartier generale. Rendendosi conto di ciò, la Guardia cittadina invia le sue unità a cavallo per assediare la base della Confraternita. Anche un importante membro dei Corvi travestito da Pestilenza, uno dei quattro cavalieri dell'Apocalisse, cerca di reclamare il Bastone ma gli Assassini si difendono risolutamente.

Al fine di proteggere il Bastone, gli Assassini della Confraternita Veneziana pianificano di incontrare Ezio in un palazzo abbandonato per affidargli il manufatto.

Mentre cercano Ezio, un'altra statua animata appare davanti a loro. È la statua del titano Cronos, che inizia ad attaccare gli Assassini all'interno della simulazione.


UFFICIO ABSTERGO, TOKYO, GIAPPONE, 2020 DC

Accorgendosi che la statua animata di Cronos è un altro glitch nella simulazione dell'Animus causato dai Templari, i personaggi sconosciuti che sperimentano i ricordi nel presente ancora una volta devono fare affidamento su Shaun Hastings.

Così, Shaun si infiltra in un'altra (o la stessa) struttura Abstergo a Tokyo per accendere due incendi che potrebbero eventualmente rimuovere il glitch dalla simulazione, ma quando lo fa, Otso Berg, vestito con gli abiti da Croce Nera e apparentemente completamente in grado di camminare, appare sul sito. Ciò conferma che è stato Berg a creare i glitch all'interno della simulazione dell'Animus, mentre a questo punto inizia a inseguire l'assassino britannico.

Mentre Shaun riesce a fuggire dall'ufficio Abstergo, il glitch di Cronos scompare dalla simulazione dell'Animus.


VENEZIA, ITALIA, 1509 DC

Successivamente la statua/creatura di Cronos riappare, ma non più protetta da Otso Berg. Con l'aiuto di Ezio, la strana creazione viene infine sconfitta dalla Confraternita.

Con il Bastone ora al sicuro e nascosto da Ezio e mentre gli Assassini preparano l'imminente viaggio di Ezio a Costantinopoli, viene ricevuto un messaggio dalla Confraternita di Roma in cerca di aiuto. E’ tempo di prepararsi per la prossima avventura.